南北朝時代に伊丹氏によって建築されました。1472（文明4）年に改築され、日本最初の天守閣が築かれました。

1574（天正2）年、荒木村重によって攻め落とされ、大改修されて「有岡城」と改名されました。
1578（天正6）年、荒木村重が織田信長に突然謀反を起こし、「伊丹城の戦い」とも呼ばれる籠城戦となりました。単身有岡城に来城した黒田孝高（官兵衛）は、村重によって有岡城は開城まで幽閉されました。
この後戦いで、高山親子の説得のためオルガンティーノ神父とロウレンソが高槻城に入りました。右近は、剃髪して全てを返上して人質とキリシタンの両方を救おうと考え、信長の元に赴きました。父友照は、有岡城へ行き人質の身代わりになることを申し出ましたが、許され彼も人質も処刑されませんでした。
村重は、夜陰にまぎれて船で尼崎城に移り、有岡城落城後は毛利氏を頼り、豊臣秀吉が政権を握ると茶道を究め、利休十哲の1人となりました。

1580（天正8）年、池田之助（ゆきすけ）が城主となりましたが、同年美濃の国に移封を命じられ、有岡城は廃城となりました。江戸時代には堀跡や土塁が残っていましたが、1893（明治26）年の鉄道の開通によって、大半が取り壊されました。
1975（昭和50）年から発掘調査が行われ、土塁の石垣や建物跡など、貴重な遺構が残されていることがわかり、国史跡に指定されました。

現在は、史跡公園が整備され、官兵衛ゆかりの藤なども残っています。

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